Setelah bertahun-tahun perang sia-sia antara empat ranah Gamindustri (Planeptune, Lastation, Lowee, dan Leanbox) untuk berbagi energi, sumber kekuatan mereka berdasarkan seberapa besar kepercayaan orang pada dewi mereka, keempat CPU yang memerintah mereka akhirnya menandatangani perjanjian persahabatan. Perjanjian itu melarang segala upaya untuk mengklaim energi Berbagi melalui kekuatan militer, dengan harapan membawa perdamaian dan kemakmuran ke dunia mereka. Namun, sebulan setelah perjanjian itu, Neptunus, CPU Goddess of Planeptune, menghabiskan waktunya untuk bermain-main dan bermain-main daripada melakukan pekerjaannya, membuat Saham tanahnya jatuh.
Permainan Choujigen Neptunus The Animation mengikuti upaya Neptunus dan teman-temannya untuk meningkatkan Saham, sambil menghadapi ancaman eksternal yang bisa mengeja akhir dari kedua Dewi dan Gamindustri itu sendiri …