Suatu hal yang sangat aneh terjadi pada Mamiya Sakura sebagai seorang anak: Dia menghilang di hutan di belakang rumah neneknya. Tentu saja, Sakura tidak begitu ingat apa yang terjadi selanjutnya, tetapi ia telah melihat orang mati sejak & mdash; hantu di rumah, hantu di sekolah, dan bahkan hantu di jalan.
Sekarang dia di sekolah menengah, hal aneh lain telah terjadi dalam hidupnya. Sebuah meja di sebelahnya yang kosong sepanjang tahun tiba-tiba diisi oleh seorang bocah lelaki berpakaian aneh bernama Rokudou Rinne. Rinne tampaknya mampu melihat hal yang sama yang dilakukan Sakura, dan kadang-kadang, orang lain bahkan tidak bisa melihat dia . Rahasia macam apa yang disembunyikan Rinne-kun, dan bagaimana dia terhubung dengan kekuatan aneh Sakura? Di Kyoukai no Rinne , ada dunia lain di samping dunia tempat kita tinggal. Berkat Rinne, Mamiya Sakura akan mengenal dunia ini dan karakter aneh yang menghuninya.